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RICERCHE ministeriali - Anno 2014

Titolo Progetto:
Studio della diversità genetica di isolati sardi di ASFV attraverso l’impiego della tecnologia Next Generation Sequencing

N. identificativo: IZS SA03/14      Durata: 24 mesi
Committente: Ministero della Salute
Tipologia: Ricerca corrente      Ruolo IZSSA: Capofila     Finanziamento €: 150.000
Responsabile:
Dr.ssa Oggiano Annalisa
Abstract
La Peste Suina Africana (PSA) è una patologia emorragica acuta altamente contagiosa dei suidi, attualmente presente in Sardegna, in Africa nel  caucaso da cui nel 2014 si è diffusa in Polonia e Lituania. Causata da un virus a DNA unico esemplare della famiglia Asfarviridae. I ceppi di Peste Suina Africana presentano una discreta variabilità delle caratteristiche biologiche e di patogenicità cha va da forme altamente virulente a forme asintomatiche. Studi di tipizzazione molecolare basati sul sequenziamento delle regioni B646L, E183L e CRV del gene B602L hanno identificato l’esistenza di 22 genotipi del virus PSA: gli isolati provenienti dai Paesi dell’Africa Orientale e Meridionale segregano in 21 genotipi, mentre i ceppi dell’Africa Occidentale e quelli della Sardegna clusterizzano nel genotipo I. Studi di caratterizzazione molecolare condotti su isolati Sardi hanno evidenziato un bassissimo livello di variabilità genica: l’analisi delle TRS (tandem repeats sequences) presenti a livello del gene B602L, pone i virus sardi in due sottogruppi diversi. Il genotipo III include isolati del periodo 1978-1990; il genotipo X comprende tutti i nuovi virus isolati dal 1990 ad oggi. Questo secondo genotipo differisce dal primo per una delezione di 12 tetrameri. Su questa base tutti gli stipiti sardi, dal 1978 ad oggi, possono essere suddivisi in due genotipi che differiscono unicamente per una delezione. Questi risultati indicano che in Sardegna vi è stata un’unica introduzione del virus ed una sua mutazione relativamente al gene B602L nel 1990. Per tipizzare ulteriormente i nostri isolati e condurre studi di tipo evoluzionistico, è necessario identificare una o più regioni del genoma nelle quali si siano verificate un numero più elevato di mutazioni. Il progetto prevede il sequenziamento massivo o “deep sequencing” del DNA di ceppi sardi con l’obiettivo di condurre un’analisi genomica comparativa ed evidenziare una diversificazione nell’assortimento genico dei diversi isolati virali, individuare snps,  integrando i risultati ottenuti con l’analisi di nuovi target e regioni geniche alternative.,


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