La ricerca scientifica è fra i principali compiti dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sardegna. Gli ambiti principali riguardano sanità e benessere animale, sorveglianza epidemiologica e farmaco-sorveglianza, igiene degli allevamenti e delle produzioni zootecniche, chimica, sicurezza degli alimenti di origine animale e non.

Lo scopo è lo sviluppo di nuove conoscenze, prodotti e servizi che siano funzionali ai bisogni di salute umana e animale espressi dal territorio. Allo stesso tempo, L’Istituto risponde agli obiettivi di salute pianificati a livello regionale, nazionale ed europeo. L’IZS Sardegna è parte integrante del sistema di progettazione della ricerca sanitaria - sia finalizzata che corrente - finanziati dal Ministero della Salute tramite il Fondo Sanitario Nazionale.

Nell’attuale organizzazione la ricerca è governata dalla direzione aziendale e dai servizi ricerca in staff alla direzione aziendale, che ne curano gli aspetti gestionali, i rapporti con l’utenza interna ed esterna, i finanziamenti e la comunicazione. Viene sviluppata all’interno delle strutture tecniche da ricercatori e personale della piramide.

L'organizzazione dell'IZS Sardegna conferisce alla ricerca un ruolo centrale, mettendo a supporto il servizio di Grant Office e il servizio di Comunicazione della Ricerca.