E. granulosus s.s. (genotipi G1 e G3) è responsabile della maggior parte dei casi di EC nell'uomo a livello globale. Ha una distribuzione cosmopolita, particolarmente presente nelle comunità pastorali e rurali, dove è principalmente trasmesso dal ciclo cane-pecora. Sebbene sia ben adattato alla pecora, E. granulosus s.s. mostra una bassa specificità di ospite in quanto può produrre cisti fertili in diversi altri ospiti intermedi sia domestici (bovini, suini, equini) che selvatici. La presenza di un ciclo selvatico del parassita è plausibile in varie parti del pianeta, ma spesso la trasmissione non può essere considerata indipendente dal ciclo domestico, in quanto in vari contesti i due cicli tendono a sovrapporsi.
E. granulosus s.s. è altamente prevalente in America del Sud, Australia, Asia e nel Bacino del Mediterraneo. In Italia sono stati riportati diversi scenari epidemiologici a seconda dell'area geografica e delle principali attività socioeconomiche associate. Nel Nord Italia la presenza di E. granulosus s.s. è considerata sporadica. Al contrario, nelle regioni meridionali, dove il 90% dell'intera popolazione ovina italiana (7,3 milioni di capi) viene allevata in modo semi-estensivo, sono state registrate alte prevalenze di Echinococcosi cistica sia negli animali che nell'uomo. E. granulosus s.s. è responsabile della maggior parte dei casi di Echinococcosi cistica umana nel mondo (circa il 90%).

Echinococcus equinus (genotipo G4) è una specie diffusa a livello globale che infesta preferenzialmente ospiti intermedi appartenenti alla famiglia degli equidi. Gli equidi domestici, come cavalli ed asini, sostengono un ciclo domestico, completato dal cane quale ospite definitivo. In Africa meridionale si riscontra la presenza di un ciclo selvatico originato dalla zebra, ospite intermedio, e dal leone e dallo sciacallo quali ospiti definitivi. Dapprima considerata una specie senza alcun potenziale zoonotico, recentemente è stato segnalati casi umani in Uzbekistan e Turchia.

Echinococcus ortleppi (genotipo G5) è una specie a diffusione globale che si riscontra, con una bassa prevalenza, principalmente nelle aree dove è praticato l’allevamento bovino. E. ortleppi si è adattato particolarmente alla specie bovina, dove è in grado di produrre cisti idatidee di elevata fertilità. Anche se è possibile lo sporadico coinvolgimento di altri ospiti intermedi, sia domestici (piccoli ruminanti, suini) che selvatici, non vi è evidenza di un ciclo selvatico indipendente. La presenza del parassita in animali selvatici è più facilmente interpretabile come effetto di spill-over dal ciclo domestico. Estremamente rare ma presenti le segnalazioni di Echinococcosi cistica causata da E. ortleppi nell’uomo.

Echinococcus canadensis (genotipi G6-G8, G10) è rappresentato da due differenti cluster genotipici che recentemente sono stati proposti come due specie distinte: G6-G7 e G8/G10.
Il genotipo G6, diffuso in Nord Africa e Medio Oriente, è prevalentemente trasmesso in un ciclo domestico rappresentato dal cane e dai camelidi; il genotipo G7, rappresentato da due aplogruppi (7a, 7b), è anch’esso mantenuto da un ciclo prevalentemente domestico rappresentato dai suidi e dal cane ed è diffuso in Europa e nel continente americano. Si riscontra il cluster G6/7 anche tra gli animali selvatici in Europa (cinghiale) e in Africa (canidi e felini selvatici) ma anche in questo caso non si hanno evidenze di un ciclo selvatico indipendente da quello domestico.
I genotipi G8 e G10 sono diffusi nelle regioni più a nord del Nord America e dell’Eurasia e sono prevalentemente trasmessi tramite un ciclo selvatico costituito dal lupo, ospite definitivo, e dai cervidi, quali ospiti intermedi.
Sebbene la loro distribuzione geografica sia quasi sovrapponibile, si registra una maggiore diffusione del G10 nelle regioni con temperature più estreme rispetto al G8, presente in Europa a latitudini più basse.
E. canadensis rappresenta, dopo E. granulosus s.s., la seconda causa di Echinococcosi cistica nell’uomo in termini di prevalenza, rappresentando circa l’11% dei casi umani totali.

Echinococcus felidis è geneticamente vicino ad E. granulousus s.s. ma differisce abbondamente dal punto di vista epidemiologico, sia per la sua diffusione che per il suo spettro d'ospite . La caratterizzazione molecolare di E. felidis si basa su di un numero ridotto di isolati provenienti dall’Africa sub-Sahariana (Uganda, Kenia, Sud Africa e Namibia). Tale specie è stata individuata in un ciclo esclusivamente selvatico rappresentato dal leone come ospite definitivo e dal facocero e potamocero come ospiti intermedi. Al momento non si registra alcun caso umano imputabile a questa specie di Echinococco e di conseguenza E. felidis risulta essere l’unica specie non zoonotica .